Apéndice 1. Sintaxis de Markdown

Fecha de compilación: 2026-10-13

Este apéndice recoge la sintaxis básica de R Markdown que se utiliza a lo largo del libro. Gran parte de esta referencia también está disponible en RStudio a través de la opción Markdown quick reference del menú de ayuda. Como referencia rápida puede consultarse también la ficha resumen de R Markdown.

Nota sobre Quarto. Quarto (.qmd) es el sucesor de RMarkdown desarrollado por Posit (antes RStudio). Utiliza una sintaxis muy similar, pero incorpora mejoras como soporte nativo para múltiples lenguajes (R, Python, Julia, Observable), cuadros de mando, presentaciones y publicaciones web. La mayor parte de la sintaxis presentada en este apéndice es directamente compatible con Quarto. Para nuevos proyectos, se recomienda considerar Quarto como alternativa.

Formato de texto con Pandoc

Formato de negritas, itálicas y código

**negritas**, *itálicas* y `código`

Formato cabeceras de las secciones y subsecciones

 # Título sección
 ## Título subsección
 ### Título subsubsección

Formato listas numeradas

1. item 1
1. item 2

Resultado compilado:

  1. item 1
  2. item 2

Formato listas con puntos

+ item 1
+ item 2

Resultado compilado:

  • item 1
  • item 2

Formato listas anidadas

Los elementos de la sublista se escriben con 4 espacios en blanco como margen por la izquierda:

1. item 1
    + item 1.1
    + item 1.2
1. item 2

Resultado compilado:

  1. item 1
    • item 1.1
    • item 1.2
  2. item 2

Formato línea horizontal

****

Resultado compilado:

Formato tablas

+---------------+---------------+--------------------+
| A             | B             | C                  |
+===============+===============+====================+
| A0            | B1            | - C10              |
|               |               | - C11              |
+---------------+---------------+--------------------+
| A1            | B2            | - C20              |
|               |               | - C21              |
+---------------+---------------+--------------------+

Resultado compilado:

A B C
A0 B1
  • C10
  • C11
A1 B2
  • C20
  • C21

Construcción de una tabla formateada a partir de un tibble mediante knitr::kable:

tibble( # tabla de ejemplo
  año=c(1985,2000,2015),
  España=c(38.734,40.75,46.122),
  Francia=c(55.38,59.387,64.395),
  Alemania=c(77.57,81.896,80.689)) |>
  knitr::kable( caption = "Población anual en millones") # tabla formateada
Table 8.4: Población anual en millones
año España Francia Alemania
1985 38.734 55.380 77.570
2000 40.750 59.387 81.896
2015 46.122 64.395 80.689

Formato enlaces web

[enlace web](https://www.google.es/)

Resultado compilado:

enlace web

Formato inserción imagen

![Título imagen](https://ctim.es/Delmond.png){ width=50% }

Resultado compilado:

Título imagen
Título imagen

Fórmulas matemáticas con LaTeX

RMarkdown permite insertar fórmulas matemáticas usando la sintaxis de LaTeX. Las fórmulas pueden aparecer dentro del texto (inline) o en un bloque separado (display).

Fórmulas inline

Para insertar una fórmula dentro del texto se encierra entre signos de dólar simples:

La famosa ecuación de Einstein es $E = mc^2$ y la identidad de Euler $e^{i\pi} + 1 = 0$.

Resultado compilado: La famosa ecuación de Einstein es \(E = mc^2\) y la identidad de Euler \(e^{i\pi} + 1 = 0\).

Fórmulas en bloque

Para fórmulas centradas en su propia línea se usan dobles signos de dólar:

$$
\bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} x_i
$$

Resultado compilado:

\[ \bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} x_i \]

Símbolos y operaciones habituales

A continuación se muestran los códigos LaTeX más usados con su resultado:

  • Fracción: \frac{a}{b} → \(\frac{a}{b}\)
  • Subíndice: x_{i} → \(x_{i}\)
  • Superíndice: x^{2} → \(x^{2}\)
  • Raíz cuadrada: \sqrt{x} → \(\sqrt{x}\)
  • Sumatorio: \sum_{i=1}^{n} x_i → \(\sum_{i=1}^{n} x_i\)
  • Producto: \prod_{i=1}^{n} x_i → \(\prod_{i=1}^{n} x_i\)
  • Integral: \int_{a}^{b} f(x)\,dx → \(\int_{a}^{b} f(x)\,dx\)
  • Letras griegas: \alpha, \beta, \gamma, \lambda, \sigma, \mu, \pi → \(\alpha, \beta, \gamma, \lambda, \sigma, \mu, \pi\)
  • Desigualdades: \leq, \geq, \neq → \(\leq, \geq, \neq\)
  • Aproximación: \approx → \(\approx\)
  • Pertenencia: \in → \(\in\)
  • Infinito: \infty → \(\infty\)
  • Puntos suspensivos: \cdots, \ldots → \(\cdots, \ldots\)
  • Matriz: \begin{pmatrix} a & b \\ c & d \end{pmatrix} → \(\begin{pmatrix} a & b \\ c & d \end{pmatrix}\)

Ejemplo de fórmula compleja

La fórmula de la correlación que usamos en el curso se escribiría así:

$$
r = \frac{\sum_{k=1}^{m}(x_k - \bar{x})(y_k - \bar{y})}
{\sqrt{\sum_{k=1}^{m}(x_k - \bar{x})^2 \sum_{k=1}^{m}(y_k - \bar{y})^2}}
$$

Resultado compilado:

\[ r = \frac{\sum_{k=1}^{m}(x_k - \bar{x})(y_k - \bar{y})} {\sqrt{\sum_{k=1}^{m}(x_k - \bar{x})^2 \sum_{k=1}^{m}(y_k - \bar{y})^2}} \]

Códigos en el fichero Markdown

Cabecera del fichero Markdown

---
title: "Mi título del trabajo"
author: "Mi nombre y apellidos"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

Fragmentos de código (chunks)

La sintaxis de los chunks es la siguiente:

```{r, opciones de knitr separadas por comas} 
   código 
```

Opciones más útiles de los chunks de R Markdown

Las opciones más habituales de los chunks son:

  • include = FALSE — ni el código ni los resultados aparecen en el documento compilado, pero el código sí se ejecuta y sus resultados quedan disponibles para otros chunks.

  • echo = FALSE — los resultados se muestran en el documento pero el código fuente no. Útil para informes dirigidos a un público no técnico.

  • eval = FALSE — el código se muestra en el documento pero no se ejecuta. Útil para mostrar ejemplos de código sin ejecutarlos.

  • message = FALSE — suprime los mensajes informativos generados por las funciones (por ejemplo, los avisos al cargar librerías).

  • warning = FALSE — suprime los avisos (warnings) generados durante la ejecución.

  • cache = TRUE — guarda el resultado del chunk y no lo vuelve a ejecutar mientras no se modifique su código. Muy útil para acelerar la compilación cuando hay operaciones costosas como cargas de datos o modelos. Pero hay que tener cuidado: la caché no detecta cambios fuera del chunk, como que se actualice el fichero de datos que lee, que cambie una función que usa (por ejemplo, de un fichero cargado con source()) o que cambie un chunk anterior del que depende. En esos casos el documento sigue mostrando el resultado antiguo sin ningún aviso, y hay que borrar la caché (la carpeta *_cache que hay junto al documento) para forzar que se vuelva a calcular.

  • results = 'hide' — ejecuta el código pero oculta la salida textual. Útil cuando solo interesan los efectos secundarios (asignaciones, gráficos).

  • fig.cap = "..." — añade una leyenda numerada a los resultados gráficos, necesaria para las referencias cruzadas con \@ref(fig:label).

  • out.width='60%' — establece el ancho de la figura como porcentaje del ancho de la zona de texto.

  • fig.asp=1.2 — establece la proporción alto/ancho de la figura.

  • fig.align='center' — centra la figura en la página.

Además, es posible asociar una etiqueta (label) a cada chunk escribiéndola al principio, justo después de ```{r. Esta etiqueta es imprescindible para poder referenciar figuras y tablas en el texto. El siguiente ejemplo muestra un chunk con etiqueta y sus principales opciones gráficas:

```{r chunk-label,fig.cap = "Leyenda figura",out.width='50%',fig.asp=0.8,fig.align='center',cache=TRUE} 
tibble(var=c("A","B","C"),value=1:3) |>
  ggplot(aes(x=var,y=value,fill=var)) +
    geom_col()
```
Leyenda figura

Figure 8.19: Leyenda figura

Para establecer opciones por defecto que apliquen a todos los chunks del documento, se incluye al principio el siguiente bloque de configuración. Esto es especialmente útil para generar informes limpios sin código R visible:

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

Código R inline

Además de los chunks, podemos insertar el resultado de una expresión de R directamente dentro del texto. La sintaxis consiste en escribir, dentro de un par de acentos graves, la letra r seguida de la expresión R que se quiere evaluar:

`r expresión`

Esto es muy útil para generar informes donde los valores se actualizan automáticamente al cambiar los datos. Por ejemplo, al escribir en el texto:

La tabla tiene `r nrow(owid_country)` países y `r ncol(owid_country)` variables.

Al compilar, el texto anterior produce: “La tabla tiene 237 países y 17 variables.” (con los valores reales calculados en el momento de compilación; esta misma frase de este libro está escrita así). Esta funcionalidad se usa frecuentemente para incluir en el texto resultados de cálculos, fechas actualizadas o valores estadísticos sin necesidad de mantenerlos manualmente.

Inclusión de ficheros externos con child

Cuando un documento es muy largo, se puede dividir en varios ficheros .Rmd e incluirlos desde un fichero principal usando la opción child:

```{r, child="capitulo2.Rmd"}
```

bookdown, que es la herramienta con la que está hecho este libro, resuelve el mismo problema de otra manera: no usa child, sino que une los ficheros .Rmd de los capítulos en un único documento y lo compila de una vez (merge and knit). Cada capítulo se escribe en un fichero .Rmd independiente, y el orden de los capítulos se puede fijar con la opción rmd_files del fichero de configuración _bookdown.yml o, como en este libro, con el prefijo numérico de los nombres de los ficheros (01-R.Rmd, 02-datos.Rmd…), que bookdown usa por defecto para ordenarlos.

Referencias cruzadas en bookdown

Cuando se usa bookdown (como en este libro), se dispone de un sistema de referencias cruzadas que permite enlazar figuras, tablas y secciones dentro del documento. Esto es especialmente útil en documentos largos donde el lector necesita navegar entre secciones relacionadas.

Referencias a figuras

Para que una figura sea referenciable, su chunk debe tener una etiqueta (label) y un fig.cap:

```{r mi-figura, fig.cap="Descripción de la figura"}
plot(1:10)
```

Como se puede observar en la Figura \@ref(fig:mi-figura), los valores crecen linealmente.

La referencia \@ref(fig:...) se reemplaza automáticamente por el número de la figura al compilar. Es importante que la etiqueta del chunk no contenga guiones bajos (_), solo guiones normales (-).

Referencias a tablas

Para tablas generadas con knitr::kable, la referencia se genera a partir del caption:

```{r mi-tabla}
knitr::kable(head(mtcars, 3), caption = "Primeras filas de mtcars")
```

Los datos se muestran en la Tabla \@ref(tab:mi-tabla).

Referencias a secciones

Las secciones se pueden referenciar si tienen un identificador. El identificador se asigna automáticamente a partir del título o se puede especificar manualmente:

## Mi sección importante {#mi-seccion}

...

Como vimos en la Sección \@ref(mi-seccion), ...

Este sistema de referencias es una de las principales ventajas de bookdown sobre RMarkdown estándar, ya que permite que los números de figuras, tablas y secciones se actualicen automáticamente al añadir o reordenar contenido.

Bloques destacados (callout blocks)

En material docente es habitual usar bloques visuales para resaltar notas, avisos o información importante. En bookdown se pueden crear usando bloques div con clases CSS personalizadas cuya definición se encuentra habitualmente en un fichero de estilos estilos.css. Por ejemplo el código

<div class="nota">
<strong class="bloque-titulo">Atajos de teclado útiles en RStudio</strong>

* **Ejecutar una línea:** `Ctrl+Enter` (Windows/Linux) o `Cmd+Enter` (Mac).
* **Ejecutar varias líneas:** seleccionarlas con el ratón y usar el mismo atajo.
* **Ejecutar un chunk completo:** `Alt+Ctrl+C` (Windows) o `Alt+Cmd+Enter` (Mac), con el cursor en cualquier punto del chunk.
* **Maximizar ventana de edición:** `Mayúsculas+Ctrl+1` — alterna entre mostrar y ocultar los paneles secundarios de RStudio.
</div>

genera la siguiente salida al compilar:

Atajos de teclado útiles en RStudio

  • Ejecutar una línea: Ctrl+Enter (Windows/Linux) o Cmd+Enter (Mac).
  • Ejecutar varias líneas: seleccionarlas con el ratón y usar el mismo atajo.
  • Ejecutar un chunk completo: Alt+Ctrl+C (Windows) o Alt+Cmd+Enter (Mac), con el cursor en cualquier punto del chunk.
  • Maximizar ventana de edición: Mayúsculas+Ctrl+1 — alterna entre mostrar y ocultar los paneles secundarios de RStudio.

También se puede usar la sintaxis de Pandoc:

> **Nota:** Este es un texto destacado usando la sintaxis de bloque de cita 
> de Markdown. Es la forma más sencilla y compatible de crear una nota visual.

Resultado compilado:

Nota: Este es un texto destacado usando la sintaxis de bloque de cita de Markdown. Es la forma más sencilla y compatible de crear una nota visual.

Plantilla de informe de análisis de datos

Como cierre práctico del apéndice, se ofrece un esqueleto de informe reproducible que integra los elementos vistos a lo largo del libro: cabecera YAML, chunk de configuración, carga de librerías y datos, y una estructura de secciones que sigue las fases del análisis exploratorio de datos presentadas en la introducción. Puede copiarse en un fichero .Rmd nuevo y usarse como punto de partida:

---
title: "Informe de análisis de datos"
author: "Nombre y apellidos"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
---

```{r setup, include=FALSE}
# Opciones por defecto para todos los chunks
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE)
library(tidyverse)
```

# Introducción

Objetivo del análisis y descripción de la fuente de datos.

# Datos

```{r cargar-datos}
datos <- read_csv("mis_datos.csv")
```

La tabla contiene `r nrow(datos)` registros y `r ncol(datos)` variables.

# Procesado y calidad de los datos

Limpieza, tipos, valores faltantes y transformaciones (formato tidy).
Un `skim(datos)` inicial ayuda a diagnosticar la tabla de un vistazo.

# Análisis y visualización

```{r grafico-principal, fig.cap="Descripción de la figura", fig.align='center'}
# ggplot / plotly / ...
```

Comentario e interpretación de los resultados, siempre apoyados en los datos.

# Conclusiones

Síntesis de los hallazgos, con sus limitaciones y la fuente de los datos.

Esta plantilla materializa las buenas prácticas del curso: parámetros de chunk (echo, message, warning), código R inline para que las cifras se actualicen solas, figuras con fig.cap referenciables y una narrativa que va de los objetivos a las conclusiones sustentadas en datos.